时间：2015-12-21 00:24:29 所属分类：农学 浏览量:
遗传标记就是遗传物质特殊的、易于识别的多态性表现形式，最初通过遗传作图应用于染色体上基因的定位。自 1923 年 Sax［1］提出利用标记和遗传图谱进行辅助选择育种，以克服常规育种费时、费力等缺陷的遗传改良设想以后［1］，基于 DNA 序列多态性而研究生物
遗传标记就是遗传物质特殊的、易于识别的多态性表现形式，最初通过遗传作图应用于染色体上基因的定位。自 1923 年 Sax［1］提出利用标记和遗传图谱进行辅助选择育种，以克服常规育种费时、费力等缺陷的遗传改良设想以后［1］，基于 DNA 序列多态性而研究生物多样性、数量性状位点( quantitative trait locus，QTL) 作图、基因定位、图位克隆、标记辅助选择的分子标记受到国内外学者的高度重视［2］。
随着对 DNA 分子标记在植物中应用的不断深入，DNA 分子标记的开发越来越趋向于操作简单、快速准确、成本低廉、多态性丰富等方面发展。近几年，基于功能基因内部序列多态性而开发的功能标记突显出的巨大应用优势，而成为开发 DNA 分子标记的热点。迄今为止，功能标记作为一种新型的 DNA 分子标记在植物中的应用涉及了植物种质资源纯度鉴定、生长发育、抗病虫、抗逆、品质改良等过程。但是，在禾谷类作物中开发的功能标记远远不能满足其应用于品质改良的要求，而禾谷类作物品质改良是其稳产、高产的基础。
禾谷类作物作为我国乃至全世界重要的粮食来源，在粮食安全问题上起着举足轻重的作用。因此，开发大量的功能标记应用于禾谷类作物的常规育种中进行抗逆相关性状选择和品质改良具有重要的意义。尽管目前关于功能标记应用性的文章已有报道，但在禾谷类作物中，功能标记的开发与应用缺乏全面性、系统性的总结，因此，本文将通过对功能标记作为辅助育种手段在禾谷类作物中的应用研究进行综述，以期为相关分子标记的开发提供参考。
1 三种 DNA 分子标记技术
随着分子生物技术的不断发展，基于分子遗传学基础的 DNA 分子标记技术日臻完善。DNA 分子标记作为一种辅助育种手段，因其简单、快速、准确等优点在作物种质资源纯度鉴定、抗旱、耐病、抗虫品种的筛选上发挥了巨大作用。2003 年，Andersen 等［3］根据DNA 分子标记的基因组来源将分子标记技术分为随机 DNA 分子标记( random DNA markers，RDMs) 、目标基因标记( gene targeted markers，GTMs) 和功能标记( functional markers，FMs) 。
1. 1 随机 DNA 分子标记( RDMs)
RDMs 是基于基因组中随机多态性位点开发而成。Botstein 等首次提出了 DNA 限制性片段长度多态性( testriction fragment length polymorphism，RFLP) 概念后，基于 Southern 杂交和 PCR 扩增技术的 RDMs 如随机扩增多态性 DNA ( random amplified polymorphismDNA，RAPD) 、扩增片段长度多态性( amplified fragmentlength polymorphism，AFLP ) 、简单重复序列 ( simplesequence repeat，SSR ) 、单 核 苷 酸 多 态 性 ( singlenucleotide polymorphism，SNP) 等，另外基于上述标记开发出来的 ISSR( inter-simple sequence repeat) 、SCAR( sequence characterized amplified Region ) 、AP-PCR( arbitrarily primed PCR ) 、CAPS ( cleaved amplifiedpolymorphism sequences) 、STS ( sequence tag site) 等分子标记体系相继建立起来。
由于 RDMs 可以直接反映 DNA 水平上的遗传变异，因此，RDMs 的开发在基因组多样性、遗传作图、基因定位等方面发挥了重要作用。Smith 等［4］利用 257对 RFLP 限制性内切酶探针对 78 份玉米杂交种实现了有效鉴定。孙春龙等［5］利用 88 个多态性 SSR 标记绘制了与水稻抗性淀粉含量性状相关的遗传连锁图谱，连锁图谱总长度为 1213. 5cM，标记间的平均距离为 13. 8cM。其中定位于水稻的第二号染色体上RM6611 ～ RM13366 区间内的一个主效 QTL 与水稻抗性淀粉含量性状相关，该 QTL 的初步定位为后期深入研究水稻抗性淀粉合成机制及相关 DNA 分子标记的开发提供了基础。
通常 RDMs 检测的多态性位点大多是基于非编码区扩增或是在基因组中随机扩增，因此获得的多态性位点常常与目标性状基因的遗传距离较远，这使得RDMs 在某些要求标记位点与目标性状距离较近的重要农艺性状基因的定位、图位克隆以及分子标记辅助育种中应用困难。同时由于遗传重组引起的 RDMs 与目的等位基因位点之间的遗传连锁问题也极大地限制了 RDMs 作为诊断性分子标记的应用［2］。
1. 2 目的基因标记( GTMs)
GTMs 是基于目的基因的开放阅读框特征和 EST序列开发而来。根据目的基因开放阅读框开发的标记主要有序列相关扩增多态性标记( sequence relatedamplified polymorphism，SRAP，由 Li 等［6］提出) 和起始密 码 子 区 域 多 态 性 标 记 ( start codon targetedpolymorphism，SCoT，由国际水稻研究所 Bertrand 等［7］在水稻上开发的一种改良的 RAPD 标记) ; 利用 EST序列 开 发 的 标 记 有 内 含 子 多 态 性 标 记 ( intronpolymorphism，PIP) ; 依赖 EST 序列和开放性阅读框的保守性相结合而开发的标记主要有目标区域扩增多态性( target region amplification polymorphism，TRAP) 和保守区域扩增多态性( conserved region amplificationpolymorphism，CoRAP) 标记。
GTMs 由于操作简单、成本低廉、多态性丰富、重复性好、引物设计简单、通用性良好等优点而广泛应用于种质资源的鉴定评价、遗传图谱构建、重要性状基因标记等方面。刘丹等［8］利用 110 对 SRAP 分子标记对我国 47 份杂草稻基因的开放阅读框( open readingframe，ORFs) 进行的遗传多样性鉴定表明，SRAP 分子标记对于杂草稻基因组 ORF 序列多态性具有很高的检测效率( 多态率 69. 82%) 。这在很大程度上为水稻育种工作种质资源鉴定方法的选取奠定了基础。韩国辉等［9］建立了稳定可靠、重复性好的柑橘 SCoT 分子标记体系，为柑橘遗传育种提供了新的技术支持。
1. 3 功能标记( FMs)
Andersen 等［3］将功能标记定义为，基于表型性状紧密相关的功能基因内部多态性基序而开发的标记。
由于 RDMs 是基于基因组中随机多态性位点开发而成，GTMs 基于基因与基因之间的多态性开发而成，RDMs 与 GTMs 的开发是不依赖于作物表型性状的，这也是 FMs 与 RDMs、GTMs 之间的本质区别及其作为新一代 DNA 分子标记的优势所在。FMs 的主要优点有:
( 1) 准确地跟踪、定位群体中的目标等位基因; ( 2) 控制平衡选择; ( 3) 高效率地筛选自然群体及育种群体中的有利基因; ( 4) 在育种群体中，有机地组合影响相同或不同性状的等位 FMs，进而进行分子设计育种;( 5) 构建连锁的 FMs 单倍型，消除基因连锁所带来的不便因素。
作为新一类型的 DNA 分子标记，FMs 和 GTMs 有着相似之处，即均是基于目标基因多态性开发而来，但是，FMs 选择的目标基因与作物表型性状高度相关，故相比于 GTMs，FMs 在作物表型性状的鉴定中更突显出其准确性和直接性。宁丽华等［10］对高直链淀粉含量的玉米品种和普通玉米材料 ae 基因的 cDNA 进行测序比对后，发现高直链淀粉含量的玉米材料中 ae 基因cDNA 序列第 9 外显子( 84bp) 全部缺失。利用该缺失开发了玉米 ae 基因的功能标记( ae-InDel) ，应用该标记能够准确检测纯合基因型个体( AeAe 和 aeae) 和杂合基因型个体( Aeae) ，并且该共显性标记可以高效、准确地应用于高直链淀粉含量玉米品种的筛选，从而缩短其育种年限。
2 功能标记的开发
功能标记开发的首要条件是鉴定出群体中与表型性状密切相关的功能基因，以及主效功能基因的获得。
然后根据目标功能基因序列中特定区域位点上的 SNP( 单核苷酸多态性) 或 InDels( 碱基的插入 － 缺失) 开发有效的功能标记。 2. 1 功能基因的确定
明确与作物表型性状紧密相关的功能基因，以及成功分离、克隆功能基因是功能标记开发的首要条件。
近几十年来，随着高通量、低成本生物组测序技术的快速发展，模式植物拟南芥，重要粮食作物水稻［11］、玉米［12］、小麦［13］全基因组测序工作的相继完成，以及GenBank 网 站 ( http: / / www． ncbi． nlm． nih． gov /Genbank / ) 上登录的基因序列数量的与日俱增，在很大程度上为 FMs 的开发奠定了一定的物质基础。但是，目前已经明确基因功能的核苷酸序列却很少。例如在最早完成基因组测序的模式植物拟南芥中，也只有 10%的核苷酸确定了其功能［14］。在禾谷类作物中明确其功能的核苷酸序列数目则更少。因此，目前限制 FMs 开发的主要因素之一是如何大量鉴定这些核苷酸序列在物种的表型性状上的作用，即确定与表型性状相关的基因。
目前关于基因功能鉴定的方法是根据相似功能基因之间的序列同源性推测表达序列可能具有的功能。
采用这种序列同源性候选基因的策略和植物基因组之间共线性关系已经成功鉴定出了一批重要农艺性状相关的基因［15 －17］。另外，表达谱分析等高通量的检测方法、RNA 干扰、T-DNA 转座子、转座子基因标签( 插入突变体) 、QTL 作图、蛋白质数量位点( protein quantityloci，PQLs) 、激活标记、定向诱变 ( targeting inducedlocal lesions in genomes，TILLING) 及病毒诱导基因沉默( virus induced gene silencing，VIGS) 等也是鉴定基因功能的重要方法。总之，随着研究的不断深入更多的功能基因会被分离与验证，鉴定方法也随之更加简便、快速、有效、高通量。
2. 2 基于目标功能基因序列特定位点多态性 FMs 开发
研究表明，基因序列中特定区域对基因的最终产物( 如蛋白质) 结构具有决定性作用［18］。因此，如何通过序列比对寻找功能基因内部特定区域等位序列中的SNPs、In-Del 是开发有效 FMs 的必要条件，也是 FMs开发的关键环节和难点所在［19］。目前基于关联分析方法开发间接性 FMs 和利用近等位基因系中功能基序的差异开发直接性 FMs 是功能标记开发的两种有效策略［3］。
2. 2. 1 基于关联分析的间接性功能标记 关联分析是一种以连锁不平衡 ( linkage disequilibrium，LD) 为基础，鉴定某一群体内目标性状与遗传标记或候选基因关系的分析方法［20 －21］。连锁不平衡是指一个群体内不同座位等位基因之间的非随机关联，当位于某一座位的特定等位基因与同一条染色体另一座位的某一等位基因同时出现的几率大于群体中随机分布的两个等位基因同时出现的几率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态［20，22］。
据报道，自花授粉物种的变异远低于异花授粉物种［23］。其中，在自花授粉植物拟南芥中，LD 平均长度一般在几十 kb 以上，而在异花授粉作物玉米中，LD 衰减通常发生在 1kb 之内［24 －25］。因此，在低水平 LD 值的( 如玉米) 作物中，关联分析在鉴定影响作物性状表现的核苷酸序列多态性、插入 － 缺失等序列变异方面表现出了巨大的优势。Thornsberry 等［25］首次利用关联分析方法对 92 份遗传多样性玉米自交系进行分析，发现 dwarf8 基因序列多态性与玉米花期性状显着相关。Létizia 等［26］选用代表美国和欧洲遗传多样性的375 份自交系和 275 份地方品种研究也证实 Dwarf8 基因与其开花习性相关且 Dwarf8 编码区一个 6bp 序列的缺失或插入对玉米开花时间有重要影响。王智兰等［27］通过对 154 份小麦种质资源组成的自然群体、41体为材料进行小麦抗旱候选基因 TaPP2Aa/c 不同基因组序列多样性分析，研究表明 TaPP2Aa-B 的 4 种单倍型与株高、穗叶距、穗下节长、倒二节长相关，同时与株高、穗下节长以及苗期生物量的抗旱指数相关。
综上所述，大量的遗传背景较远的群体以及对群体表型性状的鉴定是关联分析进行功能基因多态性鉴定的关键因素。而功能基因多态性鉴定是开发功能标记的基础步骤。但是，关联分析仅是对功能基因序列多态性进行统计上的推断，因此根据关联分析而获得的功能标记称为间接性功能标记［3］。
2. 2. 2 基于近等位基因系开发的直接性功能标记近等 位 基 因 系 可 以 通 过 同 源 重 组 ( homologousrecombination，HR) 和定向诱导基因组局部突变技术( TILLING) 的有机结合筛选大规模群体获得。
据报道，通过同源重组的靶位点融合及回交转育等方法可以获得目标基因的近等位基因系材料［28］，但是在高等植物中进行同源重组是非常困难的［29］。
TILLING 技术是一种将传统化学诱变和突变体高效筛选有效结合的全新反向遗传学研究方法，可快速、有效地鉴定和定向筛选突变，而且，TILLING 技术可以应用到任何物种中，且对其倍性、基因组大小、遗传背景没有特殊要求［30］。在六倍体小麦中，Slade 等［31］利用TILLING 技术在 800 个个体组成的 EMS 诱变群体中鉴定出 246 个 Waxy 基因的等位变异，其中 1/3 的Waxy 基因位点为功能失活突变体，这在一定程度上为低直链淀粉含量小麦功能标记的开发提供了基础。
Colbert 等［32］利用高通量 TILLING 技术对 Sir2B 基因检测结果发现，其中有 5 个 G/C 碱基向 A/T 碱基转换，与前期 dHPLC( denatured high performance liquidchromatography) 技术检测结果高度一致。 这说明TILLNG 技术是一种有效、方便的检测等位基因位点差异的方法。
目前，基于传统化学诱变的 TILLING 技术局限性在于检测点突变困难，另外化学诱变会产生大量的点突变使得工作量繁重。因此，为了获得可靠的近等位基因系，将经过化学诱变的群体再通过回交转育的方法将遗传背景恢复到野生种水平后再进行表型比较是一种可行性很好的策略。即通过 HR 和 TILLING 技术的有效结合筛选近等位基因系，从而开发功能标记［18］。此类标记由于是基于近等位基因系功能基序差异开发的标记故被称为直接性功能标记［3］。
3 功能标记在禾谷类作物的应用
功能标记作为一种新型的 DNA 分子标记在植物中的应用只有短短十几年的时间，但是其开发的标记基因涉及了植物种质资源纯度鉴定、生长发育、抗病虫、抗干旱、品质改良等过程。目前在禾谷类作物中已经成功开发的功能标记的功能基因主要是相关农艺性状、品质性状和抗病性等( 表 1) 。【表略】
3. 1 功能标记在种质资源纯度鉴定中的应用
品种纯度鉴定是保证农业生产持续稳产、高产的有效措施。目前对于品种纯度的检测主要有表型鉴定、电泳鉴定及 DNA 分子标记鉴定。而基于 DNA 分子标记的鉴定方法具有不受环境影响、多态性高、数量丰富、结果可靠等优点成为种子纯度检测中的主要方法［59 －60］。张本付等［61］对 B73 和 Mo17 全基因组水平InDel 标记的挖掘中发现了约 11400 个 InDel 特异性位点，利用生物信息学技术设计的 143 个代表基因的功能性 InDel 标记中，筛选出 13 个共显性标记用于玉米杂交种纯度鉴定，并且结果准确可靠。
3. 2 功能标记在作物生长中相关基因鉴定中的应用
Dwarf8 是玉米作物中的一种矮化突变体，这类突变体能够延迟作物花期甚至导致不正常的花发育。开发基于 Dwarf8 基因的功能标记可以在玉米生育早期推定其熟期，为玉米育种工作带来便利。Thornsberry等［25］利用 141 对 SSR 引物对92 份近交系玉米 Dwarf8基因进行序列分析发现，其编码区存在的多态性序列是影响玉米开花时间的重要因子，从而将 Dwarf8 基因确定为影响玉米开花时间的目标基因。Létizia 等［26］研究中也证实 Dwarf8 基因编码区一个 6bp 序列的缺失或插入对玉米开花时间有重要影响。张玮等［51］通过对玉米 Dwarf8 基因和其开花习性进行关联分析，结果表明: 在 Dwarf8 基因 702 位点缺失阴性与 1664 位点 T 基因型存在较强的连锁不平衡，因此，Del702 阴性与 1664T 开发成为鉴定玉米早开花或早熟的功能性标记应用于分子育种。
在小麦矮化基因的研究中，Rht 基因是控制小麦矮化的主效基因之一，Ellis 等［33］在 2002 年确定出了“完美的”功能标记用于鉴定 Rht1、Rht2 基因，该标记的应用大大提高了矮秆小麦品系的选择，同时为小麦高产、矮化品种的选育提供了可靠的评定依据。
3. 3 功能标记在抗病虫研究中的应用
在水稻抗稻瘟病研究中，其抗性基因 xa-5 为隐性遗传，因此，抗稻瘟病水稻品种的选择就显得非常滞后，并且随机 DNA 分子标记与 xa-5 基因存在不直接连锁或是遗传重组问题。Anjali 等［53］通过将 xa-5 等位基因中功能性核苷酸多态性( functional nucleotidepolymorphism，FNP) 位点转化成 CAPS 标记后，可以快速、直接筛选带有 xa-5 功能性位点的材料和变种，并且可靠性达 100%。Yeon 等［54］对三个不同抗性的小麦品种( hwayeong，ilmi，goun) Xa3 基因等位序列比对后，利用其多态性位点开发了两对功能标记( BB3-RF和 BB3-RR、BB3-SF 和 BB3SR) 。利用 BB3-RF、BB3-RR 引物在抗病品系中可以扩增出 255bp 的单一条带，而 BB3-SF、BB3-SR 在感病品系中可以扩增出一条743bp 特异性带。通过对 Milyang244 ( 高抗稻瘟病品种) 和 Ilmi( 高感稻瘟病品种) 杂交后代 F2的验证中发现此对标记对抗稻瘟病水稻品种的选择同样有效。
在小麦抗条锈病、叶锈病和白粉病研究中，伍玲等［29］根据 Lr34/Yr18/Pm38 紧 密 连 锁 的 STS 标 记csLV34 和基于该基因第 11 外显子等位变异开发了 5对功能标记 cssfr1-cssfr5。利用该功能标记 csLV34 和cssfr1-cssfr5 对 273 个 CIMMYT 小麦品系的检测结果和田间验证结果一致性为 96. 7%。这说明功能标记cssfr1-cssfr5 可准确鉴定 Lr34 / Yr18 / Pm38 位点第 11 外显子中的等位变异。同时也表明 cssfr1-cssfr5 功能标记可应用于小麦抗条锈、抗叶锈和抗白粉病育种。
3. 4 功能标记在抗干旱研究中的应用
功能标记在作物抗干旱研究中也表现出强大的应用优势。在玉米抗旱品种的选育中，柳思思等［52］利用关联分析方法对玉米全基因组分析后，共检测到 29 个变异位点与玉米的耐旱性状密切相关，并针对 FNP 位点开发了 CAPS 标记 dhnC397 和 rspC1090。其表型性状验证发现，这两个 CAPS 标记可作为功能标记应用于玉米抗旱品种的选育。从而为玉米抗旱品种的选育提供高效的技术支持。
在小麦抗旱基因的研究中，鞠丽萍等［46］通过比对2 个强抗旱与 2 个弱抗旱小麦品种 1A 染色体上的TaFer-A1 基因序列发现，在 4 个小麦品种中仅有 7 个变异位点( 6 个 SNP 和 1 个 3bp 碱基 Del/Ins 位点) 。
利用 150 份抗旱性不同的小麦品系对依赖于 TaFer-A1变异位点开发的分子标记验证中发现，只有依赖于TaFer-A1 第 1 个内含子区域的 3 个连续碱基 TCT 的Del / Ins 变异位点开发的共显性分子标记 FerA1-intr1与小麦抗旱性密切相关。因此 FerA1-intr1 功能标记可应用于小麦抗旱品种的鉴定和筛选。
3. 5 功能标记在品质改良研究中的应用
多酚氧化酶( PPO) 是影响小麦褐变的主要原因，开发鉴定小麦籽粒 PPO 活性的 DNA 分子标记可以为面粉外观品质的改良提供参考。He 等［34］对小麦 2A、2D 染色体上的 PPO 等位基因的研究中发现，2D 染色体上的 PPO 基因多态性较高，为此，基于2D 染色体上PPO 基因多态性位点成功开发了 PPO29、PPO16 功能标记，经验证证明这两个标记可有效、可靠的作为鉴定小麦 PPO 活性的 DNA 分子标记。此外，王晓波［35］根据位于2D 染色长臂上 PPO 基因开发的 STS01 功能标记也成功应用于小麦 PPO 活性的评定。利用该标记对 130 份小麦品种的检测结果表明，高 PPO 活性小麦品种［75 份，平均 PPO 活性 221. 08A475/ ( min·g－ 1·10－ 3) ］与低 PPO 活性材料［55 份，平均 PPO 活性309. 98 A475/ ( min·g－ 1·10－ 3) ］方差分析达到了极显着水平。同时利用 PPO18 分子标记二次检测其中的 55份高 PPO 活性材料，有 37 份材料［平均 PPO 活性337. 82 A475/ ( min·g－ 1·10－ 3) ］表现出高活性条带，因此利用 STS01 和 PPO18 双标记可以更准确地对小麦PPO 活性做有效鉴定。水稻作物中，杨杰等［55］根据PPO 等位基因的 DNA 序列差异开发的 FMppo-18 和FMppo-29 标记，可应用于水稻种质资源鉴定、进化等研究。
稻米香味受隐性基因 Fgr 控制，因此杂合基因型水稻不表现香味。王军等［56］设计了基于 fgr 基因两个等位基因的功能标记( InDel-E2、InDel-E7) ，且应用此对标记不仅可以验证纯合型品系，而且对杂合型水稻品系的验证同样有效。因此，InDel-E2、InDel-E7 可成功应用于香米育种和新香米基因的筛选。
3. 6 功能标记在作物产量中的应用 禾谷类作物中，千粒重是影响作物产量的三因素之一。水稻中，OsGW2 是控制水稻粒宽、粒重并对籽粒灌浆速率有正向效应的主效基因之一。Su 等［37］以水稻 OsGW2 为候选基因，利用基因间的共线性关系在研究小麦 A、B、D 基因组上 TaGW2 基因上游启动子序列中发现，大粒小麦 TaGW2-6A 起始密码子上游-593位点上的碱基为 A 而小粒小麦是 G，由此开发了以SNP-593 差异为目标、以 TaqⅠ内切酶为工具的 CAPS标记。且后期验证试验说明该基因的 CAPS Marker 可作为检测大粒、早熟基因的功能标记。Yang 等［38］发现大粒小麦 TaGW2-6A 基因序列在第 8 外显子 977bp处相比于中国春有一个-T 碱基缺失，这一碱基的缺失导致了 TaGW2 基因编码的氨基酸发生变化。应用此位点多态性开发的 AS-PCR 分子标记可有效鉴定兰考小麦和中国春杂交后代品系。
4 总结与展望
分子标记辅助育种研究的终极目标是针对某一表型性状开发其基于 DNA 水平上一劳永逸的、稳定的标记，即利用这种 DNA 分子标记对任何遗传背景下的目标性状都可以快速、准确、直接鉴定，从而根据该标记的检测结果准确地判断其表型性状。随着对 DNA 分子标记在植物中应用的不断深入研究，DNA 分子标记的开发越来越趋向于操作简单、快速准确、成本低廉、多态性丰富等方面发展。近几年，基于功能基因内部序列多态性开发而成的功能标记突显出的巨大应用优势，而成为开发 DNA 分子标记的热点。
目前，影响功能标记大量开发的主要限制因素，一是具有农艺性状意义的功能基因的分离和验证相对较少; 二是基于关联分析获得目标基因的方法较繁琐或是利用 TILLING 技术对近等位基因系的选择开发费用相对较高。对于功能基因的大量注释是开发功能标记的一个必不可少的过程。随着未来测序技术和标记技术的不断改进和完善，越来越多的功能基因及其等位基因的克隆和测序，将对功能标记的开发具有很大的促进意义。同时，采用关联分析方法和 TILLING 技术相互结合开发功能标记亦是今后开发功能标记的思路之一，即首先通过关联分析开发间接性功能标记，然后在近等位基因系中进行表型验证进而开发直接性功能标记［19］。近些年来随着谷子、高粱等禾谷类遗传图谱的构建，功能标记应用于禾谷类作物育种指日可待。
总之，完全依赖于功能基因的功能性基序开发的 FMs在 DNA 分子标记的实用性和可靠性较其他标记均显着提高，因此，功能标记有着巨大的应用潜力和广阔的应用前景，并且也是未来分子标记的趋势所向。
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